Aunque nuevo para el American Kennel Club (AKC), el Bichón Habanero es una raza bastante antigua en “años de perro”.  Su historia es fascinante y resulta importante al definir tipo, ya que es único en muchos aspectos.  El Habanero es el perro nacional de Cuba y su única raza autóctona.  La bandera de España fue izada por vez primera en Cuba por Cristóbal Colón en Noviembre de 1492.  En los diez años siguientes, España inició el período de colonización en la isla; Cuba perteneció a España durante una buena parte de los 100 años siguientes.

Los primeros colonos provenían de dos clases distintas: los agricultores, que venían principalmente de la isla de Tenerife, y los “segundos” o los segundos hijos de la aristocracia española.  Ya a principios del siglo XVI, en los cuadernos de bitácora de los buques, aparecía que perros pequeños estaban a bordo traídos por los colonos.  La lógica nos indica que debió tratarse del Perro de Tenerife, ancestro común de toda la familia de los bichones. 

Como consecuencia de las restricciones draconianas que España impusiera al comercio entre las colonias, Tenerife se mantuvo como uno de los pocos puertos abiertos a Cuba para realizar sus actividades comerciales y pareciera que estos pequeños perros, que pronto fueron acogidos en los hogares de los españoles aristócratas residentes en la isla, se desarrollaron sin mucha influencia externa.  Sin embargo, sí fueron adaptándose como respuesta al clima de esta isla tropical.

El Bichón Habanero de hoy día es aún increíblemente tolerante al calor; mucho de esto se debe a su original manto.  En algún momento conocido como el Perrito de Seda de la Habana o el Caniche Español de Seda, su pelo se asemeja a la seda cruda, profuso, pero extremadamente ligero y suave, y que le sirve como material aislante contra los rayos tropicales de la misma forma que yardas de saris de seda protegen a las mujeres de India.  En su país natal, su manto nunca fue recortado por esta misma razón e incluso el pelo de la cabeza tampoco se le recoge, ya que los cubanos consideran que les protege los ojos contra los fuertes rayos del sol.

A pesar de las restricciones comerciales, la Cuba Colonial se desarrolló y prosperó.  En el siglo XVIII, Cuba era el centro cultural del Nuevo Mundo, con una elegancia que muchas veces superaba lo logrado por Inglaterra en SUS colonias!  La aristocracia europea encontró en la Habana el sitio perfecto para pasar sus vaciones, con sus óperas, el teatro y sus palacios.  Cuando volvían a Europa, regresaban llevando al pequeño "Perro de la Habana", perrito que se convirtió en el favorito de las cortes de España, Francia e Inglaterra. Tanto en España como en la corte de Louis XVI, se les cortaba el pelo en una forma parecida al corte de los poodles o caniches, y eran muy admirados por su pequeño tamaño.  A los ingleses, por otro lado, parece que los dejaban al natural y los llamaban del Blanquito de Cuba, aunque desde entonces se les encontraba con dos colores y en diferentes tonos de carmelita.